El archivo de la Biblioteca alberga 250.000 referencias bibliográficas.
Ya hay 261.000 registros bibliográficos catalogados (accesibles desde la web). El proceso de informatización del índice, avanza a buen ritmo.
La biblioteca cuenta con 25.000 títulos de fondo antiguo.
De ellos, 4.000 ejemplares son únicos (hasta el presente). No hay copias en ningún otro lado.
Las glosas silenses (del Scriptorium de Santo Domingo de Silos) recogen las primeras palabras castellanas escritas, y fueron escritas en el Scriptorium de nuestra Abadía.
Un códice de Silos está escrito en el primer papel utilizado en Europa (s. XI).
La Biblioteca de la Botica del monasterio, con 1.024 títulos, es uno de los mejores testimonios bibliográficos de la farmacopea española.
La Biblioteca del monasterio posee la liturgia hispano-mozárabe, y la historia de los benedictinos españoles de la desaparecida congregación de Valladolid.
En la parte superior derecha de esta web, van apareciendo escenas de la vida cotidiana en la Biblioteca. Serenamente, se trabaja con los libros en un clima de estudio y silencio.